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2025-01-07 1 
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replication time domain,
甲基化; Genome-wide DNA methylation analysis
Open chromatin profiling with ATAC-seq
Chromatin modifications profiling with Chip-seq; peak
/active regulatory elements
eQTL?
Gene expression
DNA repair related???
Clearance Mechanisms?
repetitive regions (e.g., satellite DNA or LINE/SINE elements)
GC contentGO biology process???
Replication Time Domain（复制时间域）
甲基化与全基因组 DNA 甲基化分析（Genome-wide DNA Methylation Analysis）
- 甲基化：是指在 DNA 分子中添加甲基基团（通常在 CpG 位点）。这种表观遗传修饰能够调控基因表达。
- 全基因组甲基化分析：通过技术（如 Bisulfite-Seq）检测整个基因组范围内的 DNA 甲基化模式，用于研究基因调控、疾病机制等。
开放染色质分析（ATAC-seq）
- ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput sequencing）：是一种测定染色质可及性的方法，通过检测转座酶能插入的开放区域，确定潜在活跃的调控区域（如启动子、增强子）。
- 应用：识别细胞中基因活跃调控区域，研究基因调控网络。
GRCh38
ENCSR485TLP
ENCSR032RGS
...
染色质修饰分析（ChIP-seq）与 Peaks 和活跃调控元件
- ChIP-seq（Chromatin Immunoprecipitation Sequencing）：用于研究特定蛋白（如转录因子或修饰酶）与染色质的相互作用。
- Peaks：代表 ChIP-seq 数据中检测到的蛋白质与 DNA 结合的高峰区域，通常对应活跃的调控元件（如启动子或增强子）。
- 活跃调控元件：经常表现为开放染色质，结合活跃的转录因子，驱动基因表达。
eQTL（Expression Quantitative Trait Loci）
- eQTL 是一种基因组区域，控制基因表达水平的变异。
- 类型：
- Cis-eQTL：调控位点靠近目标基因。
- Trans-eQTL：调控位点远离目标基因。
- 应用：用于理解遗传变异如何影响基因表达，从而影响表型和疾病。
DNA Repair Related
- DNA 修复机制：细胞用来修复 DNA 损伤（如双链断裂、碱基错配等）的生物学过程。常见途径包括：
- 碱基切除修复（BER）
- 核苷酸切除修复（NER）
- 同源重组修复（HR）
- 非同源末端连接（NHEJ）
Clearance Mechanisms
- 指细胞清除不需要的分子或受损结构的过程。
- 示例：
- 自噬（Autophagy）：清除受损细胞器或蛋白质。
- 蛋白酶体介导的降解。
- 核酸酶清除受损 DNA。
Repetitive Regions
- 卫星 DNA（Satellite DNA）：存在于着丝粒或端粒的重复序列，通常参与染色体结构维护。
- LINE/SINE 元件：长散布元件（LINE）和短散布元件（SINE）是转座因子的一部分，可能影响基因组的稳定性。
GC 含量（GC Content）
- 基因组序列中鸟嘌呤（G）和胞嘧啶（C）碱基的比例。
- 意义：
- 高 GC 含量区域通常与基因密集区相关。
- 影响 DNA 复制、转录和结构稳定性。
Gene Ontology (GO) 生物过程（Biological Process）
- Gene Ontology (GO)：一个标准化术语集，用于描述基因的功能。
- Biological Process：描述基因在生物学过程中的作用，例如信号传导、细胞分裂或代谢。
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