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2025-01-07 1
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replication time domain,
甲基化; Genome-wide DNA methylation analysis
Open chromatin profiling with ATAC-seq
Chromatin modifications profiling with Chip-seq; peak
/active regulatory elements
eQTL?
Gene expression
DNA repair related???
Clearance Mechanisms?
repetitive regions (e.g., satellite DNA or LINE/SINE elements)
GC contentGO biology process???


Replication Time Domain(复制时间域)

复制时间域描述了基因组中不同区域在细胞周期中 DNA 复制的时间顺序。

  • 早期复制域:通常包含活跃转录的基因和开放染色质区域。
  • 晚期复制域:通常与异染色质(非活跃的基因区域)相关。
    复制时间域的调控对基因组稳定性和表达有重要影响。

Repli-seq

ENCODE
只有hg19

4DN
不确定 hg19还是hg38


甲基化与全基因组 DNA 甲基化分析(Genome-wide DNA Methylation Analysis)

  • 甲基化:是指在 DNA 分子中添加甲基基团(通常在 CpG 位点)。这种表观遗传修饰能够调控基因表达。
  • 全基因组甲基化分析:通过技术(如 Bisulfite-Seq)检测整个基因组范围内的 DNA 甲基化模式,用于研究基因调控、疾病机制等。

开放染色质分析(ATAC-seq)

  • ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput sequencing):是一种测定染色质可及性的方法,通过检测转座酶能插入的开放区域,确定潜在活跃的调控区域(如启动子、增强子)。
  • 应用:识别细胞中基因活跃调控区域,研究基因调控网络。

PqU9UK

gFc3rk


染色质修饰分析(ChIP-seq)与 Peaks 和活跃调控元件

  • ChIP-seq(Chromatin Immunoprecipitation Sequencing):用于研究特定蛋白(如转录因子或修饰酶)与染色质的相互作用。
  • Peaks:代表 ChIP-seq 数据中检测到的蛋白质与 DNA 结合的高峰区域,通常对应活跃的调控元件(如启动子或增强子)。
  • 活跃调控元件:经常表现为开放染色质,结合活跃的转录因子,驱动基因表达。

QtHY08


eQTL(Expression Quantitative Trait Loci)

  • eQTL 是一种基因组区域,控制基因表达水平的变异。
  • 类型
    • Cis-eQTL:调控位点靠近目标基因。
    • Trans-eQTL:调控位点远离目标基因。
  • 应用:用于理解遗传变异如何影响基因表达,从而影响表型和疾病。

  • DNA 修复机制:细胞用来修复 DNA 损伤(如双链断裂、碱基错配等)的生物学过程。常见途径包括:
    • 碱基切除修复(BER)
    • 核苷酸切除修复(NER)
    • 同源重组修复(HR)
    • 非同源末端连接(NHEJ)

Clearance Mechanisms

  • 指细胞清除不需要的分子或受损结构的过程。
  • 示例
    • 自噬(Autophagy):清除受损细胞器或蛋白质。
    • 蛋白酶体介导的降解。
    • 核酸酶清除受损 DNA。

Repetitive Regions

  • 卫星 DNA(Satellite DNA):存在于着丝粒或端粒的重复序列,通常参与染色体结构维护。
  • LINE/SINE 元件:长散布元件(LINE)和短散布元件(SINE)是转座因子的一部分,可能影响基因组的稳定性。

GC 含量(GC Content)

  • 基因组序列中鸟嘌呤(G)和胞嘧啶(C)碱基的比例。
  • 意义
    • 高 GC 含量区域通常与基因密集区相关。
    • 影响 DNA 复制、转录和结构稳定性。

Gene Ontology (GO) 生物过程(Biological Process)

  • Gene Ontology (GO):一个标准化术语集,用于描述基因的功能。
  • Biological Process:描述基因在生物学过程中的作用,例如信号传导、细胞分裂或代谢。